L’activité plaisance a une influence non négligeable sur le milieu et sur la qualité des eaux, tant dans les ports qu’aux alentours.

Les ports maritimes, de pêche et de plaisance générèrent des déchets toxiques (piles, batteries, huiles de vidange, solvants acides, matière plastique, résine, pots de peinture usagés, etc.) et des pollutions qui proviennent d’effluents (eaux de carénage, eaux usées, eaux pluviales) se déversant directement dans le port.

Face à ce constat, la Région Sud, l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée et Corse, l’ADEME, l’État (DREAL) ont adopté une démarche commune, visant à encourager toutes les opérations qui concourent à l’amélioration de la qualité environnementale des ports.

Ainsi, en 2001 fut créée la démarche Ports Propres en Provence Alpes Côte d’Azur avec une convention de partenariat entre le Syndicat Mixte d’Aménagement Touristique du Languedoc-Roussillon et le Conseil Régional Provence Alpes Côte d’Azur. Une convention de partenariat technique et financier unit le Conseil Régional Provence Alpes Côte d’Azur, l’Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse, l’ADEME Provence Alpes Côte d’Azur et la DIREN Provence Alpes Côte d’Azur  (DREAL aujourd’hui) et l’Union des Ports de Plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco.

De 2001 à 2007 : 86 ports de plaisance en Provence Alpes Côte d’Azur adhèrent à la démarche « Ports Propres » 

En 2006 , une charte graphique de signalétique des équipements « Ports Propres » adoptée au niveau national est créée par l’Union des Ports de Plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco et le Conseil Régional Provence Alpes Côte d’Azur.

En 2008, la création d’un accord AFNOR pour la certification de la gestion environnementale portuaire a été une étape supplémentaire dans la démarche. Réalisé en partenariat avec la Région Sud, il valorise les ports engagés dans la démarche.

En 2012, la création de la Certification européenne Ports Propres ou Clean Harbour Guidelines, a remplacé l’accord français.

Le référentiel de la certification européenne Ports Propres a été créé à l’initiative de l’Union des ports de plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco avec le Conseil Régional Provence Alpes Côte d’Azur, l’État, l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse, l’ADEME, les associations du collectif Ecogestes et AFNOR.

L’ensemble des ports de plaisance français par le biais de l’Union des Ports de Plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco, de l’ Association des Ports de Plaisance de Bretagne , de l’ Union des Ports de Plaisance de Corse, et européens grâce aux organisations portuaires anglaise, italienne, espagnole et portugaise a participé à cette création. Le Conseil Supérieur de la Navigation et le comité européen de normalisation ont été parties prenantes.

En 2018, une suite optionnelle à la Certification Ports Propres a été initiée par la Région Sud et l’Union des Ports de Plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco : la Certification française « Ports Propres Actifs en Biodiversité ». Elle valorise l’engagement des gestionnaires portuaires agissant en faveur de la biodiversité locale dans le port et son aire d’influence.

Depuis 2019, des formateurs agréés Ports Propres sont présents dans plusieurs régions françaises (Corse, Bretagne, Occitanie, Hauts de France) en plus de celle de Provence Alpes Côte d’Azur.Depuis 2019, L’Union des Ports de Plaisance Provence Alpes Côte d’Azur et Monaco, avec le CPIE Côte Provençale a créé un réseau national de formateurs « Ports Propres » pour maintenir, voire améliorer la qualité de la formation Ports Propres, et de ce fait, la qualité de l’application de Ports Propres dans les ports. Ces formateurs sont des interlocuteurs privilégiés pour les régions concernées.